Sesuai Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 43 Tahun 2019 tentang Puskesmas, pasal 57 menyatakan bahwa dalam upaya peningkatan mutu pelayanan Puskesmas wajib dilakukan akreditasi secara berkala paling sedikit 3(tiga) tahun sekali. Dan sebagai tindak lanjut, maka diterbitkan dasar hukum yang mengatur teknis pelaksanaan akreditasi Fasilitas Kesehatan Tingkat Pertama (FKTP) melalui Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 46 Tahun 2015 tentang Akreditasi Puskesmas, Klinik Pratama, Tempat Praktik Mandiri Dokter, dan Tempat Praktik Mandiri Dokter Gigi.
Akreditasi adalah bentuk pengakuan yang diberikan oleh lembaga independen penyelenggara akreditasi yang telah ditetapkan oleh Menteri Kesehatan setelah memenuhi standar akreditasi. Akreditasi merupakan salah satu bentuk upaya peningkatan mutu fasilitas pelayanan kesehatan termasuk untuk pelayanan FKTP.
Akreditasi FKTP bertujuan untuk 1) meningkatkan mutu pelayanan dan keselamatan pasien, 2) meningkatkan perlindungan bagi sumber daya manusia kesehatan, masyarakat dan lingkungannya, serta Puskesmas, klinik pratama, tempat praktik mandiri dokter, dan tempat praktik mandiri dokter gigi sebagai institusi, dan 3) meningkatkan kinerja puskesmas, klinik pratama, tempat praktik mandiri dokter, dan tempat praktik mandiri dokter gigi dalam pelayanan kesehatan perseorangan dan masyarakat.
Akreditasi menjadi pemicu Puskesmas dalam membangun sistem tata kelola yang lebih baik secara bertahap dan berkesinambungan melalui perbaikan tata kelola: 1) manajemen secara institusi, 2) manajemen program, 3) manajemen resiko, dan 4) manajemen mutu.
Pada tahun 2019 terdapat 19 Puskesmas dengan tingkat hasil kelulusan untuk kategori puskesmas akreditasi dengan status kelulusan madya dan sebanyak 7 Puskesmas yang belum terakreditasi pada tahun 2019.
